placecare😽

placecare 是一个使用 PLACE数据库 基于字符串搜索算法预测顺式作用元件的工具。

使用 placecare，你可以：

1. 通过序列文件或片段搜索顺式作用元件。

2. 通过 PLACE 数据库的 id 和 ac 快速获取相关信息 （数据来自 PLACE 官网提供的 place.seq 文件）

安装

如果你的电脑上有Rust工具链，你可以使用如下命令安装我们的命令行程序：

cargo install placecare

如果你并没有安装Rust工具链，你也可以在 GitHub的Release中 直接下载我们编译后的二进制文件：

• Release

TIP

我们预编译了 Windows 和 Linux 的 amd64版本的程序，如果你想在这些平台之外使用placecare， 最好的方法是通过Rust工具链安装。

如果你要使用我们的库，只需要：

cargo add placecare

使用

使用命令行程序

在你安装了 placecare 命令行程序后，你可以这样使用：

• 搜索顺式作用元件

命令行程序目前支持 文件输入 -i FILE_PATH 和 直接输入 -s TEXT。

输出方式也有两种：打印输出 -p 和 文件输出 -w -o FILE_PATH。你可以同时使用两种方式输出。

placecare search -i ./a.fasta -p
placecare search -s ATCATCATTATATATAACGGGGCCC -p

placecare search -i ./a.fasta -w -o output.txt
placecare search -s ATCATCATTATATATAACGGGGCCC -w -o output.txt

• 根据ID和AC查询PLACE数据库

查询时需要选择通过哪种方式查询： 使用ID -q 和 使用AC -a 。

IMPORTANT

使用 文件输入 时，每行存放一个ID或AC

placecare query -i ./id.txt -q -p
placecare query -i ./ac.txt -a -p
placecare query -s TATABOX1 -q -p

placecare query -s ./id.txt -q -w -o output.txt

使用我们的库

这里介绍了我们的库如何使用。 placehere的核心功能编写在 place_search 模块中，I/O操作编写在 io 模块， place_desc 模块是对PLACE数据的描述文件。

搜索元件

我们提供了多种输入序列的方式，如下所示：

use placecare::io::RecordDesc;

let input = vec![RecordDesc::new("Gh_01", "TTATAGACTCGATGGCCGCGCGG")];
let input = RecordDesc::from_file("./input.fasta");
let input = RecordDesc::from_string("\
>Gh_01
ATATCCGGATGGCATGCTGATC
");
let input = RecordDesc::from_records(bio::io::fasta::Reader::new("./input.fasta"));

let mut f = File::open("input.txt").unwrap();
let input = RecordDesc::from_reader(f);

然后我们可以进行搜索：

use placecare::place_search::Search;

// 搜索单个元件
let result = Search::search_element(input).unwrap();

// 搜索多个元件
let result = Search::search_elements(input).unwrap();

可以查看 place_desc 模块中的定义了解输出信息。

查询元件信息

我们可以使用以下方法查询PLACE数据库中的元件信息。

use placecare::search::Search;

The function will return a vector of Option<SeqDesc>
// for which is a result of the input sequence.
let e1: Vec<Option<SeqDesc>> = query_elements_by_id(&vec!["TATABOX1", "TATABOX2"]);
let e2: Vec<Option<SeqDesc>> = query_elements_by_ac(&vec!["S000023", "S000260"]);

提示

IUPAC模糊碱基

PLACE 数据库中使用了 IUPAC 模糊碱基符号 （WikiPedia）来表示多种可能的碱基。

引用文献

如果您的文章使用了本软件，也即使用了本软件使用的库，那么请引用以下文章：

• PLACE

Higo, K., Ugawa, Y., Iwamoto, M. and Korenaga, T. "Plant cis-acting regulatory DNA elements (PLACE) database: 1999" Nucleic Acids Research, Volume 27, Issue 1, 1999, Pages 297-300.

• Rust-Bio

Köster, J. (2016). Rust-Bio: a fast and safe bioinformatics library. Bioinformatics, 32(3), 444-446.